Selon une étude de Hodgson et al 2014 portant sur l'ADN autosomal de nombreuses populations d'Afrique, du Moyen-Orient et d'Europe, les langues afro-asiatiques ont probablement été diffusées à travers l'Afrique et le Proche-Orient par une population ancestrale porteuse d'une composante génétique non-africaine nouvellement identifiée, que les chercheurs ont nommé « Ethio - Somali ». Ce composant « Ethio - Somali » se retrouve aujourd'hui principalement parmi les populations de langue afro-asiatiques de la Corne de l'Afrique. Ce composant est proche du composant génétique non-africain que l'on retrouve chez les Maghrébins, et que l'on pense a divergé de toutes les autres ascendances non africaines il y a au moins 23 000 ans. Sur cette base, les chercheurs suggèrent que cette population « Ethio - Somali » est sans doute arrivée du Proche-Orient, durant la période pré-agricole, en Afrique du nord-est via la péninsule du Sinaï. Cette population s'est alors divisée en deux branches, avec un groupe qui s'est dirigé vers l'ouest, vers le Maghreb et l'autre vers le sud dans la Corne de l'Afrique15. D’après une étude de génétique des populations publiée en 2015 sur le premier génome séquencé d'un squelette de chasseur-cueilleur ancien d'Afrique subsaharienne, datant de 2500 ans av J.C., il a été proposé, par comparaison des populations actuelles avec ce génome ancien, que tous les Africains subsahariens modernes sont légèrement mélangés avec une population d'origine eurasienne, qui était étroitement apparentée à la population actuelle de la Sardaigne et aux anciens agriculteurs du Néolithique européen qui étaient eux-mêmes issus d'une ancienne population du Proche-Orient. En Afrique subsaharienne, cette part d'ascendance eurasienne est bien plus importante chez les populations parlant actuellement des langues afro-asiatiques, notamment de la Corne de l'Afrique et des plateaux éthiopiens16. Par la suite, en février 2016, les auteurs de l'étude ont publié un erratum concernant leur étude. À la suite d'une erreur bio-informatique, l'influx de gènes eurasiens en Afrique a été un peu surestimé. Il y a bien eu une importante migration en Afrique de l'Est en provenance d'Eurasie, mais elle s'étend moins loin ailleurs en Afrique subsaharienne17. Une étude de Lazaridis et al publiée en juin 2016 a montré que la population à l'origine de ces gènes eurasiens en Afrique de l'Est étaient des fermiers néolithiques issus du sud du Levant18.
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